Dikotomi ilmu pengetahuan adalah pemisahan atau pembedaan antara dua hal yang berbeda, biasanya dikotomi ini terjadi antara ilmu pengetahuan modern dengan ilmu pengetahuan tradisional, atau antara ilmu pengetahuan yang dianggap materialistik dengan ilmu pengetahuan yang dianggap spiritual.

Dikotomi ini sering terjadi dalam konteks keilmuan Islam, dimana ilmu pengetahuan Islam dianggap sebagai ilmu pengetahuan tradisional yang tidak sesuai dengan ilmu pengetahuan modern yang dianggap lebih ilmiah dan rasional. Ini bisa menyebabkan adanya stigmatisasi terhadap keilmuan Islam dan membuat orang-orang yang tertarik pada keilmuan Islam merasa tidak diakui oleh masyarakat.

Dampak dari dikotomi ini dapat menyebabkan terjadinya polarisasi dan kekacauan dalam masyarakat, terutama jika dikotomi ini dianggap sebagai dasar untuk menentang dan mengkriminalisasi keilmuan Islam. Ini juga dapat menyebabkan terjadinya diskriminasi terhadap orang-orang yang tertarik pada keilmuan Islam, sehingga mereka merasa tertekan dan tidak merasa diakui dalam masyarakat.

Untuk mengatasi masalah ini, penting untuk menghargai dan menghormati keberagaman keilmuan dan untuk tidak memandang keilmuan Islam sebagai sesuatu yang tidak sesuai dengan ilmu pengetahuan modern. Selain itu, penting untuk memahami bahwa keilmuan Islam merupakan bagian integral dari keilmuan secara keseluruhan, dan tidak boleh dianggap sebagai sesuatu yang terpisah atau terasing dari ilmu pengetahuan yang lain.